在进行万方本科论文查重时，常见问题包括查重比例过高、重复率过高等。解决方法可以从修改论文结构、增加内容原创性、适当引用他人观点等方面入手。此外，可借助专业查重软件进行自查，及时发现问题并进行修改。

另外，为避免万方本科论文查重中出现问题，建议在写作过程中注意引用规范、避免直接复制粘贴他人文章、及时查找相似文献并做出修改。保持论文原创性和学术严谨性，是解决万方本科论文查重问题的关键。同时，定期检查论文格式、参考文献格式等，也有助于避免查重问题的发生。